Desde então, venho salvando os arquivos gerados em layers temporários sempre que eles forem produtos intermediários, de natureza auxiliar ao processo principal que eu estou executando. Dessa forma, eles são excluídos automaticamente depois que eu sair do QGIS (ou ao reiniciar o computador), então não preciso me preocupar com eles depois de executar meu código. Bom, decidi fazer um post com um resumo de como eu salvo as saídas das ferramentas executadas no PyQGIS em camadas temporárias, caso isso venha a ser útil para alguém!